Der ABI 3900 Oligonukleotid-Synthesizer ist ein Hochdurchsatzsystem: Es können 48 Oligonukleotide parallel synthetisiert werden, von 10 Nanomol bis 1 Mikromol mit einer Länge von über 50 mers. Die Zykluszeit beträgt weniger als 5 Minuten für 48 Kupplungen.
Das Gerät verfügt über 14 Amidite-Positionen, die leicht zugänglich auf der Vorderseite angebracht sind. Die Reagenzien befinden sich auf der Seitenwand mit 2 x 450 ml Behältern für jedes Hilfsreagenz. Eine 2-Liter-Flasche für Deblock und 2 x 4-Liter-Flaschen für Acetonitril stehen neben dem Synthesizer. Der Abfallbehälter ist ein 20-Liter-Behälter.
Abmessungen 54cm x 54,6cm x 54cm und ein Gewicht von 93 kg